Он использовал свои знания в области химии для стандартизации механизмов 
действия токсинов, антитоксинов и сывороток.
      В 1899 году Институт разработки и контроля сывороток был расширен и 
переведен во ФранкфуртнаМайне. В это время Эрлих опубликовал свои 
окончательные выводы по применению теории боковых цепей в иммунологии. Следуя 
направлениям, которые он развил в труде по кислородной потребности организмов, 
ученый подчеркивал, что антитела могут вырабатываться не только в результате 
прямых химических взаимодействий между токсинами (или другими антигенами) и 
клетками. Поскольку антитела похожи на некоторые питательные вещества, они 
могут реагировать с рецепторами, расположенными на поверхности клеток. В 
результате клетки начинают усиленно вырабатывать такие рецепторы, 
взаимодействующие в крови с токсинами. Следовательно, в роли антител могут 
выступать рецепторы клеток, с которыми взаимодействуют антигены.
      Теория боковых цепей оказала большое влияние на развитие науки, хотя лишь 
немногие ученые согласились с ней полностью. Важнейшее достижение Эрлиха 
состояло в том, что он представил взаимодействие между клетками, антителами и 
антигенами как химические реакции.
      В 1908 году Эрлиху совместно с Мечниковым была присуждена Нобелевская 
премия по физиологии и медицине «за работу по теории иммунитета».
      В нобелевской лекции ученый выразил уверенность в том, что ученые начали 
«понимать механизм действия терапевтических веществ…». «Я надеюсь также, – 
отметил он далее, – что, если эти направления будут систематически развиваться, 
вскоре нам станет легче, чем до сих пор, разрабатывать рациональные пути 
синтеза лекарств».
      Как пишет П. де Крайф: «Все свои знания и идеи Пауль Эрлих черпал из книг.
 Вся его жизнь протекала среди научной литературы; он выписывал химические 
журналы на всех известных ему языках и несколько – на неизвестных. Его 
лаборатория настолько была завалена книгами, что, когда входил посетитель и 
Эрлих говорил ему: «Садитесь, прошу вас!», то садиться было некуда. Из всех 
карманов его пиджака – если только он не забывал его надеть – торчали журналы, 
а приносившая ему утром кофе горничная спотыкалась и падала на невероятные горы 
книг, наполнявших его спальню. Изза своей страсти к книгам и дорогим сигарам 
Эрлих всегда был в нужде».
      В 1901 году он прочитал об исследованиях Альфонса Лаверана, и с этого, 
собственно, начались его восьмилетние поиски «магической пули». Лаверан, как 
известно, открыл микроб малярии, а в последнее время упорно работал над 
трипаносомами. Впрыскивая мышам этих хвостатых дьяволов, вызывающих у лошадей 
так называемую болезнь Кадера с поражением всей задней части тела, Лаверан 
нашел, что трипаносомы убивают мышей в ста случаях из ста. Затем он впрыскивал 
под кожу зараженным мышам мышьяк и наблюдал от этого некоторое улучшение, но в 
конце концов ни одна из мышей окончательно не поправилась.
      В 1902 году Пауль Эрлих приступил к делу. Ему удалось внедрить в практику 
лечение одного вида малярии метиленовой синькой. Затем он начал уничтожать 
трипаносом, испытывая для этого очень ядовитые трипановые краски. Попутно он 
установил, что микроорганизмы довольно быстро приспосабливаются к химическому 
оружию, направляемому против них, и становятся к нему устойчивыми; это делало 
его надежды менее реальными.
      К счастью, среди его поклонников было много богатых людей. В 1906 году 
Франциска Шпейер, вдова банкира, пожертвовала крупную сумму денег на постройку 
института имени Георга Шпейера, на покупку оборудования и мышей и на 
приглашение экспертовхимиков, которые могли бы составлять самые сложные краски.
 Без этих денег Эрлиху вряд ли удалось бы когданибудь «отлить волшебные пули».
      Целый день ученый проводил в лаборатории, но с красками ровно ничего не 
выходило. «Когда Эрлих уже был на грани отчаяния, он узнал, что химикам удалось 
открыть некий неядовитый мышьяковый препарат, который за его неядовитость так и 
был назван «атоксил», – пишет М.И. Яновская. – Этот препарат якобы почти 
излечивал мышей от сонной болезни. Но неядовитость атоксила была чистейшей 
выдумкой: препарат убивал мышей, даже не болевших сонной болезнью; его 
осмелились испробовать на больных этой болезнью африканцах, и он лишил их 
зрения. Но Эрлих и не думал принимать на веру утверждение о безвредности 
атоксила. Он проверил препарат и убедился в его безусловной ядовитости; попутно 
выяснил и другое: можно изменить структурную формулу атоксила, и тогда он 
действительно станет неядовитым. И Эрлих пустился в совершенно фантастическую 
эпопею с изменением ядовитого мышьяка в его неядовитую, больше того, целебную 
разновидность».
      День за днем Эрлих работал в своей лаборатории и наконец установил, что 
атоксил может быть видоизменен.
      В течение последующих двух лет он проделал много опытов над мышами с 
различными препаратами мышьяка, которые ему удалось составить. Однако всегда 
обнаруживалось, что, уничтожая болезнь Кадера, лекарство одновременно убивало 
мышей, вызывая злокачественную желтуху.
      И всетаки упорство Эрлиха в 1909 году было вознаграждено.
      «Сжигая себя с двух концов, – так как ему было уже за пятьдесят и смерть 
была не за горами, – Пауль Эрлих наткнулся на свой знаменитый препарат «606», 
который ему, конечно, никогда в жизни не удалось бы найти без помощи Бертхейма,
 – пишет П. де Крайф. – Этот препарат был продуктом тончайшего химического 
синтеза, и его приготовление было сопряжено с опасностями взрыва и пожара от 
большого количества неизбежных при этом эфирных паров. Кроме того, его 
чрезвычайно трудно было сохранять, так как самая ничтожная примесь воздуха 
грозила превратить его из невинного лекарства в страшный яд.