Не найдя свидетелей для подтверждения показаний Теплинского, Абакумов оказался 
в сложном положении: ведь необходимо было заручиться показаниями двух 
свидетелей. Поскольку никто из окружения Теплинского в военных верхах даже не 
знал о существовании Ильина и не мог дать показания против него, найти второго 
свидетеля для обвинения представлялось проблематичным, а без этого нельзя было 
передавать дело для слушания в Военную коллегию. Ильина избивали, лишали сна, 
однако он не только отказывался признать себя виновным, но даже не подписывал 
протоколы допросов. Для оформления дела их необходимо было предъявить Сталину, 
чтобы он решил дальнейшую судьбу подследственного, и Абакумов боялся предстать 
перед Сталиным без убедительного обвинительного заключения. Хотя Абакумов не 
смог доказать вину Ильина, тот по-прежнему оставался в тюрьме.

На допросы Ильина вызывали в течение четырех лет с 1943 по 1947 год. Его 
держали в одиночной камере и периодически избивали, чтобы получить признания. 
Через четыре года на него махнули рукой, но еще целых пять лет он оставался в 
тюрьме, где в разное время его сокамерниками были министр авиационной 
промышленности Шахурин, маршал авиации Новиков и министр иностранных дел 
Румынии. Ильин никому не говорил, что он офицер-чекист. По его версии он 
работал в техническом отделе киностудии документальных фильмов. Понимая, что 
является жертвой борьбы за власть, Ильин дал себе слово ни в чем не 
признаваться и лучше умереть, чем запятнать свою честь. Ему удавалось даже 
сохранять чувство юмора. Однажды он спросил у своего следователя, проводившего 
допрос:

– А что означает орденская ленточка у вас на груди? Офицер ответил, что это 
орден Ленина. Ильин заметил:

– Вот какая мне оказана честь – дело поручено человеку, награжденному орденом 
Ленина. Значит, мое дело очень важное!

В июле 1951 года Ильин был переведен в Матросскую Тишину и помещен в 
специальный блок тюрьмы ЦК партии. Находившимися там подследственными занимался 
Комитет партийного контроля, который расследовал дела членов ЦК и офицеров 
госбезопасности. Начальник тюрьмы предупредил его о серьезных последствиях, 
если он не признает свою вину перед партией. Новым следователем, появившимся на 
очередном допросе в форме генерал-майора юстиции, был заместитель военного 
прокурора Советского Союза Китаев. К безмерному удивлению Ильина, Китаев 
потребовал от него показаний о предательской деятельности Абакумова, в ответ 
Ильин попросил представить доказательства, что это не провокация. Охранник 
вывел его в коридор и подтолкнул к глазку камеры, где сидел заклятый враг 
Ильина Абакумов.

Тем не менее Ильин отказался свидетельствовать против Абакумова, дальновидно 
рассудив, что Абакумов в свое время обо всем докладывал Сталину и если он, 
Ильин, сейчас расскажет о сфабрикованных Абакумовым делах, то его могут 
обвинить в содействии этим преступлениям. Ильин дал показания, что в своей 
работе после 1933 года не имел с Абакумовым никаких контактов, лишь изредка 
встречал его на Лубянке, а также во время инспекционной поездки в Ростов в 1938 
году. Китаев был неудовлетворен его заявлением и перевел Ильина обратно на 
Лубянку, где допросы тут же возобновились. Однако их тон сделался совершенно 
иным. Теперь его обвиняли в том, что он неправильно понимал свой служебный долг,
 поддерживая контакты и дружеские отношения с подозрительными людьми. Через 
полгода начальник Комендатуры Министерства госбезопасности (МГБ) генерал-майор 
Блохин объявил ему: за служебные упущения Особое совещание приговаривает Ильина 
к девяти годам тюремного заключения.

Срок заключения истек – Ильин отсидел девять лет. Перед освобождением ему 
предложили пройти в кабинет для оформления необходимых документов. Ильин 
рассказывал мне, что Блохин являлся не только начальником комендатуры, но 
отвечал и за приведение смертных приговоров в исполнение (в ряде случаев он сам 
приводил их в исполнение), поэтому, когда его вызвали к Блохину, перед ним за 
одну-две секунды мысленно прокрутилась вся его жизнь. Он был уверен, что сейчас,
 сию минуту, его поведут в комендатуру на расстрел. Однако его привели в 
обычный кабинет, где он дал подписку о неразглашении обстоятельств дела и 
условий содержания под стражей. Он получил справку об освобождении, временный 
паспорт и свою старую форму комиссара госбезопасности, теперь генерал-майора, 
без погон, которая за эти годы порядком обветшала.

Выпущенный на волю поздним вечером, без денег, Ильин решил найти убежище в 
приемной МГБ на Кузнецком мосту. Он знал, что война кончилась, но не знал, как 
она изменила жизнь людей: ему было неизвестно, что в стране произошла денежная 
реформа и в обращении совсем другие деньги. Он также не знал, где его семья и 
что с ней. Утром выяснилось, что его жена развелась с ним, так как не имела 
сведений о нем и считала, что он погиб. Она снова вышла замуж, и их дочь жила с 
ней.

Ильин попробовал связаться с Меркуловым, который стал министром Госконтроля. Он 
пришел в министерство, секретарь доложил Меркулову, а потом сказал, что фамилия 
Ильина министру ни о чем не говорит. Ему некуда было идти. Он снова вернулся в 
приемную МГБ и сделал попытку позвонить Шубнякову, бывшему своему заместителю.