В 1518 году при католикосе Басили VI Самцхе вновь подчинилась мцхетскому 
престолу. Атабаг Кваркваре написал книгу верности католикосу Басили.

Попытки отделения от единой грузинской церкви отмечались и в Кахети, однако 
царь Симон I и католикос Доменти I (1556-1560) своими энергичными мерами не 
допустили разделения грузинской церкви. В силу сложившейся тяжелой обстановки в 
Западной Грузии имеретский царь Баграт III Бичвинтский церковный центр перенес 
в Гелати. В тот период абхазским католикосом был Эвдемон I (1557-1578). На 
церковном собрании, состоявшемся в те годы в Западной Грузии, присутствовал 
мцхетский католикос. Собрание приняло решение о введении смертной казни за 
участие в торговле пленными. Строгие меры наказания были предусмотрены и за 
другие преступления. С сепаратистскими устремлениями в Кахети вновь пришлось 
бороться картлийскому католикосу Николозу VII (1561-1584).

Тяжкие испытания, выпавшие на долю Грузии, переживала и грузинская церковь. 
Служителям церкви приходилось вести свою службу в крайне тяжелых условиях. В 
1614 году во время нашествия шах Аббаса вместе с Луарсабом II и Теймуразом у 
имеретского царя нашел приют и католикос Иоанэ IX (1612-1616). Когда шах 
потребовал у имеретского царя выдачи Луарсаба и Теймураза Георгий III послал к 
нему для переговоров абхазского католикоса Малакия II Гуриели. Малакиа в то же 
время был мтаваром Гурии и имел деловые отношения с католическими миссионерами.

Грузинское духовенство активно участвовало в политической жизни страны. В 
период царствования Ростома хотя официально христианство не преследовалось, но 
насаждались мусульманская религия и персидские обычаи. Все это вызвало 
беспокойство в церковных кругах. В 1612 году в заговоре против Ростома вместе с 
картлийскими тавадами и Теймуразом I участвовал католикос Эвдемоз I. После 
раскрытия заговора по приказу Ростома Эвдемоз был схвачен и умерщвлен в тюрьме.

Грузинская церковь причислила Эвдемоза к лику святых.

В конфликте, возникшем в Картлийском царстве между Георгием XI и Ираклием I 
католикос Николоз IX занял позицию Георгия и всячески поддерживал его. К 
прибывшему в Тбилиси картлийскому царю Ираклию католикос Николоз не соизволил 
явиться. Ираклий отстранил его от должности католикоса и назначил на его место 
своего дядю Иоана X. По всей вероятности, были отстранены и другие духовные 
лица и назначены преданные царю люди.

В 1705 году на церковном собрании Вахтанг VI вновь выдвинул кандидатуру 
Николоза IX, но собрание не согласилось с ним. Католикосом был избран брат царя 
Доменти IV, который всегда оказывал поддержку царю. После отъезда Вахтанга в 
Россию Доментий IV укрывался в Ксанском ущелье. Он вел активную деятельность 
против османов, за что и просидел девять лет в турецкой тюрьме. После 
освобождения из турецкого плена вернулся в Картли и до 1742 года был здесь 
католикосом. Первейшей заботой абхазских католикосов была непримиримая борьба 
против торговли пленными. Они заставляли тавадов и мтаваров дать клятвенное 
обещание, что не примут участия в этом постыдном деле. Абхазский католикос 
Григол II (1696-1742) пригрозил рачинскому эриставу и Дадиани, что прекратит 
богослужение, если в их владениях не будет запрещена продажа пленных. Григол II 
заботился о тех грузинах, которые жили между Кодори и Ингури на территории, 
входящей в Абхазию. Жестокое притеснение и преследование вынуждало их покидать 
насиженные места и переселяться в безопасное место. Григол II помогал 
грузинским беженцам и экономически. Католикос вел переговоры с князьями 
Шарвашидзе об освобождении пленных грузин и их поселении на новой территории. В 
1759 году по инициативе Соломона I состоялось церковное собрание. Был 
восстановлен Кутаисский кафедральный собор. Церковь была освобождена от налогов.
 Повторно были утверждены права абхазского католикоса на принадлежащие ему 
владения. Собрание осудило торговцев пленными. В этот период католикосом был 
Бессарион, брат рачинского Эристава Ростома. Он был явным противником Соломона 
I. Бессарион был послан братом к Ахалцихскому паше за помощью против царя 
Соломона. Но политическая ситуация изменилась и Ахалцихский паша пленил 
Бессариона. Однако Бессариону удалось бежать из плена. Он явился к Дадиани, 
который назначил его одишским католикосом. Царь Соломон I на место Бессариона 
назначил католикосом своего брата Иосифа. После Иосифа католикосом стал Максиме 
II (1776-1795). Максиме был кутаисским митрополитом, когда царь Соломон I 
отправил его послом в Россию. Однако между царем и католикосом произошел 
конфликт. Католикос Максиме не разрешил царю похоронить своего сына, Александра 
в Гелатском монастыре, так как у него была незаконная жена. Ввиду этого 
конфликта Максиме перешел в Картли и вернулся в Имерети только после смерти 
Соломона. Он оказался последним абхазским католикосом, так как Россия после 
завоевания Имерети, упразднила абхазский католикосат.

Верным единомышленником Теймураза I и Ираклия II был католикос Антон I. Ради 
благополучия родины он не жалел сил и энергии и всегда оказывал поддержку царям.
 Католикос Антон I пользовался большим авторитетом и уважением. Он (в светской 
жизни – Теймураз Багратиони) был сыном брата Вахтанга VI – Иесе. Его матерью 
была дочь Ираклия Елена. Начальное образование Антон получил в монастыре 
Давид-Гареджи. В конце 30-ых годов XVIII века Антон постригся в монахи в 
Гелатском монастыре. Был настоятелем Гелатского монастыря и митрополитом