Папа также признал Великого Магистра независимым, свободным князем, предоставив 
ему соответствующие привилегии и почести. Эти права Ордена были еще раз 
подтверждены папой Пием II (1458-1464 гг.) и папой Иннокентием VIII (1484-1492 
гг.).

Владычество над Родосом вновь продемонстрировало двойственную природу Ордена: 
как религиозного ордена и одновременно как светского субъекта международного 
права, что и определяет то особое положение, которое Орден сохранил до 
сегодняшнего дня. Подчиненный в духовных вопросах Святому Престолу, Орден был, 
тем не менее, совершенно независим в решении политических и светских вопросов, 
как от Святого Престола, так и от западноевропейских христианских сеньоров. 
Итак, владение Родосом было поводом, но не причиной эмансипации Ордена в 
качестве наднациональной организации в общности народов и государств Западной 
Европы, определившей для него то особое место, в соответствии с которым он в 
течение нескольких веков является членом международно-правовой общности.

Флот иоаннитов

Находясь на Родосе, иоаннитские рыцари создали великолепный военный флот, 
переняв лучшие достижения моряков всего мира. Были построены большие галеры с 
обшивной броней и пятьюдесятью гребцами в двух рядах. На не зависящих от ветра 
галерах кроме нескольких рыцарей было 50 матросов и 200 солдат. Иоанниты 
применяли знаменитый "греческий огонь". Их самый большой корабль, построенный в 
XV веке - "Святая Анна" - по праву считался первым броненосцем. Иоанниты 
продолжали воевать как с турками, так и с мамелюками, совершая рейды на 
сирийское и ливанское побережье.

В 1310 г. флот родосских рыцарей разгромил у острова Аморгоса, находившегося в 
150 километрах от Родоса, турецкую флотилию нового Османского - государства, 
образованного в 1299 г. Осман-беем и Орхан-беем. Через восемь лет флот 
иоаннитов повторил свой успех, выиграв у острова Хиос свое очередное морское 
сражение у турецкого флота, состоявшего из восьмидесяти судов. Еще через год, в 
1320 г., турецкий десант на 80-ти кораблях попытался высадиться на Родосе, но 
на подходе к острову 30 кораблей родосских рыцарей разгромили и рассеяли турок.

6 сентября 1332 г. Византия, Венеция и родосские рыцари подписали договор о 
совместной борьбе с турками, рвавшимися на запад. В сентябре 1344 г. флот 
родосских рыцарей участвовал во взятии объединенным флотом союзников сильной 
крепости Смирны, принадлежавшей турецкому эмиру Умур-паше. В 1334 г. к договору 
присоединились Кипр, Франция и Папская область, но дальше дело не пошло - в 
декабре 1344 г. альянс распался. Флот иоаннитов же в 1347 г. разгромил при 
острове Имроз турецкий флот из 100 судов, а в 1360 г. был образован новый союз 
родосских рыцарей с Венецией и Кипром против турок.

В 1365 г. иоанниты принимали участие в локальном крестовом походе кипрского 
короля Пьера де Лузиньяна против Египта - 10 октября их флот участвовал в 
разгроме египетского флота и во взятии города Александрии. Иоанниты многократно 
участвовали в набегах на города Леванта, Малой Азии и Египта, постоянно 
усиливая свою военную мощь.

В 1386 г. Орден иоаннитов купил за 20.000 флоринов Ахейское княжество на 
Пелопонесском полуострове, но вынужден был покинуть его в 1405 г.

В декабре 1402 г. войска самаркандского эмира Тимура захватили Смирну, 
практически уничтожив город. Это было опасное соседство. Через год, в 1403 г., 
родосскими рыцарями был подписан договор с мамелюкским Египтом, направленный 
против Тимура. В это же время иоанниты восстановили в Иерусалиме свой госпиталь.
 Мир с Египтом продолжался почти 20 лет. В 1424 и 1425 гг. флот египетского 
султана атаковал Кипр, и, в конце концов, в 1426 г. остров был захвачен. А в 
1440 г. мамелюки появились уже у самого Родоса.

Борьба с мамелюкским Египтом

В 1440 г. 18 галер египетского султана Якмака аз-Захира атаковали Родос. Рыцари 
отбросили египтян.

"Султан под видом, что будто бы Родос в древние времена зависел от Египта, 
положил твердое намерение напасть на оной, для чего вооружив флот, состоящий из 
восемнадцати галер и под командой египетского адмирала, послал его для 
завоевания Родоса. Адмирал начал войну сию нападением на принадлежащий Ордену 
остров Шатору, которым и овладел. А затем обратился к Родосу, куда и прибыл 25 
сентября 1440 г. Кавалеры, возбуждаемые примером Великого Магистра, вооружась, 
сопротивлялись высадке неверных. Маршал же Ордена, командовавший флотом, вышел 
из гавани, и хотя орденский флот был гораздо в меньшем количестве, нежели 
неприятельский, но маршал решился вступить в сражение с неверными, кои 
принуждены были отступить. Маршал, приблизившись к неверным, сразился с ними. 
Сражение сие продолжалось целый день, пока ночная темнота принудила всех 
разделиться. Победоносные кавалеры, потеряв не более 70 человек, возвратились в 
Родос, неверных же потеря простиралась до 700 человек" [91].