Земли иоаннитов в виде командорств могли сдаваться в аренду рыцарям, которые 
ежегодно были обязаны вносить в кассу Ордена налоги за пользование землей - 
респонсии (responsion).

Командорства давались по старшинству. Рыцари-владельцы командорств именовались 
наставниками (praeceptores) или командорами - управляющими недвижимым 
имуществом Ордена, и руководили воспитательными заведениями, в которых 
готовились поступить в рыцари молодые дворяне. Позднее должности командоров 
стали даваться за особые заслуги.

Командоры подчинялись приорам, великим приорам и провинциалам. Приорства 
состояли из командорств и объединялись в судебные округа бальяжи. Судьи - бальи 
- делились на капитульских, монастырских и бальи по милости, или почетных.

Восемь главных сановников Ордена - пилиеры (pilieri или ballivi conventuales) 
выбирались из монастырских бальи в "столпы" Наций.

Великий Магистр - правящий государь Ордена - избирался пожизненно в течение 
трех дней после смерти своего предшественника рыцарями-выборщиками, 
провоевавшими не менее трех лет и не менее тринадцати лет служивших Ордену. 
Великий Магистр имел решающий голос во всех орденских делах, осуществлял все 
назначения на должности, и присваивал почетные звания. Великий Магистр имел 
право каждые пять лет выделять одно командорство тому, кому считал нужным, при 
условии открытой вакансии. Это командорство называлось магистральным, респонсии 
с которого шли непосредственно Великому Магистру.

Верховную власть Ордена осуществлял Священный Капитул, в первое время 
созывавшийся Великим Магистром раз в 3 года. Капитулу подчинялся постоянный 
Совет (consiglio ordinario), состоящий из Великого Магистра, восьми столпов, 
провинциальных приоров и капитульских бальи и осуществлявший управление Орденом.


Великий Магистр совместно с восемью столпами - начальниками Наций (Прованса, 
Оверни, Франции, Арагона, Кастилии, Италии, Англии, Германии) руководил Советом 
и Священным Капитулом Ордена.

Великий Командор (он же казначей) - столп Прованса - считался первым 
заместителем Великого Магистра ("потому что Герард, основатель Ордена, как 
некоторые утверждают, был из Прованса").

Великий Госпитальер (или гостеприимник) - столп Франции - ему надлежало нести 
ответственность за госпитали, врачей, ухаживающий персонал и приобретение 
медикаментов.

Великий Консерватор (или драпиер) - столп Арагона - был интендантом; в его 
обязанности входил также контроль ежегодных выплат рыцарям на их личные 
потребности.

Великий Канцлер - столп Кастилии - являлся министром иностранных дел, готовил 
все декреты и решения правительства Ордена и вместе с Великим Магистром 
подписывал их. Он также руководил государственным архивом.

Великий Адмирал - столп Италии - осуществлял командование всеми морскими судами 
Ордена, офицерами и рядовым составом экипажей, а также наемниками, служащими на 
кораблях. Снабжение вооруженных сил находилось в совместной компетенции 
Адмирала и Великого командора.

Великий Маршал - столп Оверни - командовал пехотинцами и был председателем 
третейского суда, разрешавшим разногласия между рыцарями.

Туркополиер - столп Англии - командовал кавалерией, караульными войсками и 
вспомогательными силами Ордена.

Великий Бальи - столп Германии - отвечал за сохранность оборонительных 
сооружений, обеспечение боеприпасами и продовольствием.

Позднее, в XV веке, в Ордене была введена должность Главного санитара - 
Инфермерария, считавшаяся одной из самых главных.

Подобное конституционно закрепленное разделение высших постов между различными 
Нациями позволяло достичь умелой и действенной концентрации сил при 
одновременном учете национальных особенностей, что не в последнюю очередь 
способствовало усилению Ордена.

Процветающее, независимое от светских князей, признанное уже в 1309 г. папой 
Климентом V, орденское государство подтвердило свои права в 1448 г., когда папа 
Николай V признал полную юрисдикцию Ордена над его территорией, независимость 
Ордена от папы в вопросах управления, финансовых вопросах, право обмена 
посольствами с другими государствами, международно-правовую свободу договоров и 
действий, право чеканить монету и взимать налоги.