Специальных школ, соединенных в Харьковском университете под видом отделений, 
Каразин проектировал
девять,
которые предполагалось открывать постепенно. Первые два
отделения
должны были открыться немедленно по утверждении устава университета. Через эти 
отделения должны были проходить все студенты, и они являлись подготовительными 
для специальных отделений. В программу его должны были входить иностранные 
языки, история, география, математика, физика, естественные науки. Курс этих 
отделений был трехлетним. По прошествии трех лет после открытия университета 
открываются новые пять отделений – уже специальные:
богословское
(четырехлетний курс),
гражданских познаний
(трехлетний),
военных познаний
(трехлетний),
врачебных наук
и
гражданских искусств
(архитектура, гидравлика, механика и землемерие, курс трехлетний). Еще через 
два года могут открыться два последних отделения –
высших наук
или
учености
(высшие курсы математики, физики, химии, прочих естественных наук и астрономии, 
а также история наук и педагогика, курс четырехлетний) и
изящных художеств
(живопись, скульптура, музыка и т. п.).

Таким образом, по проекту Каразина, Харьковский университет должен был 
представлять собою соединение подготовительной школы и специальных школ, 
соответствующих теперешним: духовной академии, военным академиям, юридическим 
факультетам университетов, строительному училищу, институтам технологическому и 
путей сообщения, медицинским и естественнонаучным факультетам, учительскому 
институту, академии художеств и консерватории. Нет сомнения, что такая 
универсальная школа есть идеал высшего учебного заведения и придет время, когда 
высшие школы по своей организации будут ближе к тому, что проектировал Каразин, 
нежели к существующим типам высших школ.

В тесной связи с университетом, как дополнение предполагаемой системы 
образовательных учреждений, Каразин проектировал устройство
училища сельского домоводства
и
школу ремесел и рукоделий,
которые должны были зависеть от Харьковского университета и содержаться на его 
средства.

Такое-то всестороннее образовательное учреждение задумал Каразин основать в 
Харькове и не сомневался в успехе своего начинания. Снабженный формальными 
доверенностями дворян Слободско-Украинской губернии и харьковского городского 
общества хлопотать об открытии университета и постановлениями о пожертвованиях, 
Каразин отправился в Петербург и здесь немедленно явился во дворец, чтобы лично 
доложить Александру I o положении дела, начатого им с полного одобрения 
государя. Александр I, однако, на этот раз не принял Каразина, а велел ему 
сказать, чтобы он представил все, что имеет, по начальству. Страшно был поражен 
Каразин таким отношением к нему и начатому им делу; но делать было нечего: он 
представил все документы по делу Харьковского университета Муравьеву, 
председателю комиссии об училищах, в которую он сам незадолго перед тем был 
назначен управителем дел, – и отсюда начинается продолжительная волокита, 
которую устраивали сильные люди того времени, ненавидевшие недавнего царского 
любимца, потерявшего теперь благоволение государя. Ниже мы выясним причины 
перемены отношения Александра I к Каразину, а теперь продолжим рассмотрение 
судьбы вопроса о Харьковском университете, решение которого вдруг затормозилось 
обстоятельством, казалось бы, не имеющим никакого отношения к данному делу.
Дело о Харьковском университете пошло «по начальству». Муравьев представил 
переданные ему Каразиным бумаги министру народного просвещения Завадовскому, а 
этот последний – министру внутренних дел Кочубею. Начались всевозможные запросы 
и справки. Канцелярии вступили в дело и показали себя обычными мастерами по 
части затягивания решения вопроса. Каразин хлопотал, бегал ко всем лицам, от 
которых зависело подвинуть дело, настаивал, – но дело не двигалось. А между тем 
он был так уверен, что решение вопроса не встретит никаких затруднений, и 
ожидал, что университет будет открыт уже с 1803 года, и эту уверенность передал 
и харьковскому дворянству. Можно представить себе, как должна была возмущаться 
пылкая натура Каразина тем черепашьим ходом дорогого ему дела, какой придали 
ему петербургские канцелярии. Наконец, в декабре 1802 года он пишет горячее 
письмо министру внутренних дел Кочубею, который должен был сделать доклад 
императору о пожертвованиях и прошении харьковских дворян и горожан, но не 
делал. В письме Каразин горько жалуется на затяжку дела, сетуя на 
неосновательность ее.