Сталин, сосредоточивший в своих руках всю власть. А это значит, что 
эффективного и оперативного руководства вооруженной борьбой в существующей 
структуре достичь невозможно. Именно поэтому он вновь вернулся к вопросу о 
высшем военном руководстве с началом войны и предложил Сталину создать все-таки 
Ставку Главного Командования, предоставив ей неограниченные полномочия в 
руководстве всеми вопросами внутренней и внешней политики, а также ведения 
вооруженной борьбы. Сталин вновь ушел от решения, согласившись позже вернуться 
к этой проблеме. 

Еще один очень важный вопрос всегда находился в центре внимания Тимошенко. Он 
хорошо понимал, что поднять в короткие сроки боеготовность и боеспособность 
войск невозможно без коренного улучшения воинской дисциплины, состояние которой 
вызывало серьезную озабоченность. Во время войны с Финляндией в войсках были 
случаи саморанений и дезертирства красноармейцев и младших командиров, а также 
уклонений от участия в боевых действиях. Далеко не лучшим образом обстояли дела 
с дисциплиной и в повседневной жизни Красной Армии. Широкое распространение 
получили самовольные отлучки, наблюдался сон на посту, допускались пьянство и 
другие проступки. Не случайно в акте о передаче дел бывшим НКО Ворошиловым 
новому наркому указывалось: "Воинская дисциплина не на должной высоте и не 
обеспечивает точного выполнения войсками поставленных им боевых задач"{16}. 

Для выправления положения следовало принять самые крутые и жесткие меры. 8 июля,
 т.е. ровно через месяц после назначения на пост наркома Тимошенко обратился в 
Политбюро ЦК ВКП(б) с запиской, в которой указал на то, что предусмотренные 
Уголовным кодексом РСФСР наказания за воинские преступления не способствуют 
укреплению дисциплины в Красной Армии. Так, привлечение рядового и младшего 
начальствующего состава к уголовной ответственности за самовольное оставление 
части предусматривалось лишь тогда, когда его продолжительность превышала шесть 
суток. Ставя вопрос о всемерном ужесточении наказания за самовольные отлучки и 
другие воинские преступления, Тимошенко писал: "Необходимо пересмотреть 
Уголовный кодекс РСФСР, особенно главу девятую "Преступления воинские", и 
издать Указ Президиума Верховного Совета... о воинских преступлениях, который 
являлся бы общесоюзным законом". И уже 30 июля 1940 года был издан проект 
нового закона СССР "Об ответственности за воинские преступления". 

11 июня 1940 года нарком подписал приказ "О ликвидации безобразий и 
установлении строгого режима на гауптвахтах", а 6 июля был опубликован Указ 
Президиума Верховного Совета СССР "Об уголовной ответственности за самовольные 
отлучки и дезертирство" Согласно этому документу, военнослужащие срочной службы,
 за совершение самовольной отлучки по приговору Военного трибунала направлялись 
в только что созданные дисциплинарные батальоны на срок от трех месяцев до двух 
лет. 

Однако Тимошенко вскоре убедился, что дисбаты плохо выполняют возложенные на 
них задачи. Батальоны переполнялись осужденными, среди которых было немало 
таких красноармейцев, которые совершили незначительные проступки, за что их, 
если и следовало наказать, то не более строго, чем в дисциплинарном порядке. 
Нарком потребовал полного изжития подобных случаев. 

В целях повышения авторитета командира - непосредственного начальника маршал С.
К.Тимошенко в конце июня издал приказ о порядке обращения по служебным вопросам 
и подачи жалоб военнослужащими. Согласно положений Временного Дисциплинарного 
устава 1925 года, который действовал до сих пор, военнослужащим разрешалось 
заявлять жалобу на прямого начальника вышестоящему. В 1940 году случаи 
обращения с подобными жалобами стали столь частыми, что, это, по мнению наркома,
 препятствовало дальнейшему укреплению дисциплины. Он отменил статью 22 Устава 
внутренней службы 1937 года и 7-ю главу Временного Дисциплинарного устава ("О 
жалобах") утвердив их в следующей редакции: "Категорически запретить обращаться 
к вышестоящим начальникам по служебным вопросам и жалобам без разрешения на то 
непосредственных начальников. Каждое обращение военнослужащего не по команде в 
какой бы то ни было форме рассматривать как нарушение советской воинской 
дисциплины". 

Большое значение в укреплении дисциплины красноармейцев и младших командиров 
имели изданный в августе 1940 года приказ НКО о соблюдении военнослужащими 
формы одежды и содержании обмундирования в чистоте и исправности. Исходя из 
того, что внешний вид - первейший показатель состояния дисциплины 
военнослужащего и того подразделения, в котором он служит, Тимошенко приказал: 
"Ежедневно на утренних осмотрах командирам отделений и старшине тщательно 
проверять состояние обмундирования и обуви каждого бойца. Не оставлять без 
внимания и требовать от бойцов устранения малейших мелочей и дефектов во 
внешнем их виде"{17}. 

1 декабря 1940 года был введен новый Дисциплинарный устав РККА. В общем разделе 
его подчеркивалось: "Советская дисциплина Красной Армии должна быть выше, 
крепче и отличаться более суровыми и жесткими требованиями, чем основанная на 
классовом подчинении дисциплина в других армиях... Интересы обороны 
социалистического государства требуют применения к нарушителям дисциплины самых 
суровых мер принуждения"{18}.