Сталина в Роттердаме осуществил ликвидацию лидера ОУН Е. Коновальца.

С сентября 1938 года Судоплатов П. А. исполнял обязанности помощника начальника 
4-го отделения 5-го отдела ГУГБ. После ареста руководителей разведки 3. Пассова 
и С. Шпигельглаза, других старших офицеров отдела в ноябре-декабре 1938 года 
исполнял обязанности начальника 5-го отдела ГУГБ НКВД — внешней разведки.

В декабре 1938 года был назначен помощником начальника Испанского отделения ИНО,
 однако уже в конце месяца его отстранили от дел. «За связь с врагами народа» в 
руководстве разведки был исключен первичной организацией отдела из ВКП(б). Но 
благодаря вмешательству руководства НКВД это решение не было утверждено 
парткомом наркомата.

16 января 1939 года утвержден заместителем начальника 4-го отделения 5-го 
отдела ГУГБ, а с 10 мая этого же года — заместителем начальника внешней 
разведки НКВД СССР. С 1939 года руководил подготовкой операции «Утка» 
(ликвидация Л. Троцкого), успешно осуществленной в Мексике 20 августа 1940 года 
Л. Эйтингоном и Р. Меркадером-дель-Рио.

26 февраля 1941 года решением Политбюро ЦК НВКП(б) П. А. Судоплатов назначается 
заместителем начальника Разведывательного управления только что созданного 
Наркомата Госбезопасности СССР.

После начала Великой Отечественной войны, с 26 июня 1941 года по 
совместительству он возглавил Штаб по ликвидации вражеских парашютных десантов 
и диверсионных групп. Тогда же был назначен заместителем начальника 
Центрального штаба истребительных батальонов НКВД СССР.

5 июля 1941 года П. А. Судоплатов был утвержден начальником Особой группы при 
наркоме внутренних дел СССР (Андрей), 3 октября 1941 года — 2-го отдела НКВД 
СССР. А с 30 ноября 1941 года по 1 июля 1942 года он одновременно являлся и 
заместителем начальника 1-го (разведывательного) Управления НКВД СССР.

В первые месяцы войны по ходатайству П. А. Судоплатова нарком внутренних дел 
СССР Л. П. Берия отдал распоряжение освободить из-под следствия и из лагерей 
более 20 человек из числа осужденных сотрудников советской разведки, в том 
числе Я. С. Серебрянского, И. Н. Каминского и П. Я. Зубова, которые были 
приняты на работу в Особую группу.

18 января 1942 года Павла Анатольевича назначают начальником 4-го Управления 
НКВД СССР. Руководил партизанскими и разведывательно-диверсионными операциями в 
ближних и дальних тылах противника, координировал работу агентурной сети на 
территории Германии и ее союзников.

После выделения из состава НКВД органов госбезопасности 12 мая 1943 года 
назначен начальником 4-го Управления НКГБ СССР. Одновременно по 14 мая 1946 
года являлся заместителем начальника Разведывательного управления НКГБ СССР.

С февраля 1944 года он — начальник группы «С» при наркоме внутренних дел СССР. 
Руководил обобщением материалов по атомной проблематике, полученных агентурным 
путем.

В 1945 году П. А. Судоплатову было поручено возглавить объединенную группу НКВД 
— НКГБ по составлению для И. В. Сталина и В. М. Молотова 
информационно-аналитических материалов к Ялтинской конференции. В задачу группы 
входили оценка потенциала Германии для продолжения войны, а также изучение 
возможной позиции союзников на Ялтинской встрече. Аналитикам группы удалось 
создать психологические портреты членов американской и английской делегаций, 
определить мотивацию их поведения, что для советского руководства подчас было 
не менее важно, чем агентурные материалы.

В 1945-1947 годах Судоплатов П. А. под прикрытием советника НКИД П. Матвеева 
участвовал в подготовке и проведении конфиденциальных переговоров наркоминдела 
СССР В. М. Молотова с Чрезвычайным и полномочным послом США А. Гарриманом и 
лидером курдского национального движения М. Барзани.

22 мая 1945 года он становится по совместительству начальником отдела «Ф» НКВД 
СССР, созданного для работы на территории стран, освобожденных Красной Армией 
от противника, а также для сбора информации от граждан СССР, побывавших в плену 
или интернированных в странах Европы. 30 августа 1945 года в связи с 
расформированием отдела освобожден от этой должности и назначен начальником 
особого Бюро при наркоме Госбезопасности — информационно-аналитической службы.

27 сентября 1945 года его назначают начальником (по совместительству) 
созданного на базе группы «С» самостоятельного отдела «С» НКВД СССР, а 10 
января 1946 года — НКГБ СССР. Одновременно он руководит объединенным 
разведывательным бюро Специального комитета при СНК/Совете Министров СССР по 
проблеме №. 1 (создание атомного оружия). Отвечал за координацию обеспечения 
разведывательными материалами руководителей и ведущих ученых советского 
ядерного проекта.

С 15 ноября 1945 года (по совместительству) становится начальником отдела «К» 
НКГБ СССР, образованного для оперативного обслуживания атомны