В кампании 1789 года Барклай отличился в сражениях при Каушанах (13 сентября), 
Аккермане (27 октября) и у Бендер (11 октября).

Весной 1790 года секунд-майор вместе со своим шефом принцем Ангальтом 
отправился в Финляндию и принял участие в русско-шведской войне 1788—1790 годов.
 Здесь, при штурме деревни Керникоски (19 апреля), ему довелось вынести из боя 
смертельно раненного шефа и принять его последнюю волю. Перед своей кончиной 
принц Ангальт подарил Барклаю свою шпагу.

В кампании 1790 года Барклай был произведен в чин премьер-майора и переведен в 
Тобольский полк, а через год – в Санкт-Петербургский гренадерский полк, 
находившийся в стадии формирования.

В апреле следующего года при первом известии о начале боевых действий в Польше 
Санкт-Петербургский гренадерский полк был направлен сначала в Вильно, а затем в 
Гродно, где взял под свою охрану ставку польского короля Станислава-Августа. 
Летом гренадеры вместе с другими полками двинулись к Вильно, захваченному 
польскими мятежниками. 28 июля начался штурм города. За отличие при взятии 
Вильно Барклай был награжден орденом Св. Георгия 4-й степени. За храбрость при 
штурме предместья Варшавы – Праги он был произведен в подполковники и в декабре 
вернулся в Гродно на должность командира батальона Эстляндского егерского 
корпуса.

В мае 1797 года батальон, которым командовал Барклай, был преобразован в 4-й 
егерский полк. На следующий год Барклай-де-Толли был произведен в полковники, а 
24 мая 1799 года получил чин генерал-майора российских войск.

В начале кампании 1805 года полк Барклая-де-Толли входил во 2-ю армию 
Беннигсена, которая должна была двинуться для содействия главным силам 
союзников. Но по пути следования через Пруссию армию настигло известие о 
разгроме союзников при Аустерлице и о развале Третьей коалиции. Это привело к 
временной остановке боевых действий.

В сентябре 1806 года возникла Четвертая коалиция. В результате поражения 
прусской армии при Йене и Ауэрштадте главную роль в предстоящей кампании должна 
была играть армия Беннигсена, насчитывавшая 70 тысяч человек и 300 орудий. Полк 
Барклая был назначен в авангард.

Первое сражение кампании 1806—1807 годов произошло под Пултуском. Барклай лично 
водил своих егерей в контратаки, в ходе которых натиск французов был отбит на 
всех направлениях. За храбрость Барклай-де-Толли получил орден Св. Георгия 3-й 
степени.

На рассвете 25 января отряд Барклая подошел к Прейсиш-Эйлау. Здесь 26 января в 
12 часов началось сражение. Бои шли на самих улицах города. Барклай лично повел 
в контратаку два гусарских полка, но в разгар боя был ранен артиллерийской 
гранатой, раздробившей ему руку. Вынесенный с боя он был отправлен для 
излечения в Кенигсберг, а затем далее в Мемель (Клайпеда). Здесь его дважды 
посетил император Александр I, и во время бесед Барклай изложил ему свое 
видение будущей войны с Наполеоном. Император наградил Барклая-де-Толли орденом 
Св. Анны 1-й и Владимира 2-й степеней, а 4-му егерскому полку за боевые успехи 
были пожалованы серебряные трубы.

Следующей военной кампанией для Михаила Богдановича стала русско-шведская война 
1808—1809 годов. В мае 1808 года его корпус получили приказ двигаться в 
провинцию Саволакс. Под его командованием находилось пять пехотных и один 
кавалерийский полка, с тремя эскадронами драгун и тремя казачьими сотнями и 
ротой гвардейской артиллерии. Финны – уроженцы этих мест – сумели под 
командованием полковника (впоследствии – генерала) Ю. Сандельса организовать 
мощное партизанское движение, используя чрезвычайно выгодные условия местности. 
Барклай впервые столкнулся с тактикой, которую ему доведется применить в 
недалеком будущем.

7 июня корпусу Барклая удалось достичь Куопио, за которым находилось окруженное 
болотами озеро Калавеси. Совершив четыре трудных перехода, войска 
Барклая-де-Толли остановились у Рауталамби, где было получено известие об атаке 
постов у Куопио. Пришлось возвращаться с частью войск на помощь. Он подошел к 
Куопио в тот момент, когда Сандельс под покровом ночной темноты и тумана начал 
новую атаку города с трех сторон. Лишь на рассвете штурм города был отражен.

Осенью русские войска полностью захватили Финляндию, хотя до заключения мира 
было еще далеко. К зиме 1808/09 года в руководстве армии возобладала идея о том,
 что победить Швецию можно лишь высадившись на ее берег и создав угрозу ее 
столице.

Наступать предполагалось тремя корпусами. Барклай-де-Толли получил под 
командование Вазский корпус. Его войска проходили Ботнический залив в общем 
направлении на Умео на соединение с войсками графа Шувалова. Император прислал 
в Финляндию военного министра А.А. Аракчеева, предоставив ему самые широкие 
полномочия. Михаил Богданович не считал свои войска готовыми к началу военных