Федор Апраксин становится главным начальником Адмиралтейского приказа, получив 
титул адмиралтейца. В это же время он получает назначение на должность 
азовского губернатора. За 6 лет он смог многое сделать для развития нового 
российского флота – построены новые суда, город Азов перестроен, а построенный 
Таганрог имел удобную гавань для военных кораблей и Троицкую крепость. В устье 
реки Миус была также возведена Павловская крепость. Кроме этого была 
перестроена воронежская верфь и заложены новые – в Таврове и Новопавловске, 
снабженные удобными доками и шлюзами.

В 1700 году, воспользовавшись благоприятной политической обстановкой в Европе, 
Петр I начал войну против Швеции, вошедшую в историю под названием Северной 
войны. Она продолжалась до 1721 года и закончилась победой России. В ходе 
Северной войны, в которой активное участие принимал военно-морской флот, с 
особой яркостью проявился талант Апраксина как флотоводца, внесшего 
существенный вклад в развитие военно-морского искусства, особенно в области 
совместных действий армии и флота.

С 1708 года Апраксин стал носить титул генерал-адмирала. Осенью того же года он 
возглавил командование войсками, оборонявшими Ингерманландию от шведов. 
Шведская армия летом 1708 года начала наступление в направлении Петербурга с 
целью захвата города. Войскам Апраксина противостоял 12-тысячный корпус под 
командованием генерала Либекера, расположенный в районе Выборга. Наступление 
шведов летом 1708 года было замедлено из-за проливных дождей, превративших 
дороги в непролазную грязь. В конце августа шведы перешли реку Сестру и через 
несколько дней появились в селе Колтуши, создав непосредственную угрозу 
Петербургу. В распоряжении Апраксина имелось более 23 тысяч солдат, но большая 
их часть была распределена по отдельным укрепленным пунктам, так что против 
шведов он мог выставить отряд, значительно уступающий по численности войску 
Либекера. Продолжая наступление, Либекер смог закрепиться на южном берегу Невы 
и обеспечить переправу через нее основных сил и продолжил дальнейшее движение 
вглубь Ингерманландии. Понимая, что остановить шведов в решающем сражении 
имеющимися у него силами будет крайне сложно, Апраксин решил взять шведов 
измором. Он нашел достаточно эффективный способ борьбы с противником. Отрезав 
его от баз снабжения и лишив подвоза продовольствия и боеприпасов, он держал 
корпус Либекера в постоянном напряжении и на голодном пайке. Апраксин стал 
систематически беспокоить шведов мелкими нападениями, разоряя край и уничтожая 
продовольствие. Голодные и измученные шведские войска, лишенные возможности 
вернуться к Выборгу, так как эту дорогу преграждали части Апраксина, подошли к 
Копорью, отказавшись от нападения на Петербург и надеясь достигнуть Выборга 
морем. Там, на Сойкиной мызе, стояла шведская эскадра и 29 сентября корпус 
Либекера начал погрузку на суда. Апраксин получил донесения о действиях шведов 
только 12 октября и бросился вдогонку за противником. Он успел лишь разгромить 
шведский арьергард, а основные силы шведов ушли на судах в Бьеркезунд. Шведская 
экспедиция окончилась неудачей. За проявленное воинское искусство и охрану 
Петербурга от вражеского нападения Петр I приказал выбить особую медаль с 
изображением на одной стороне портрета графа Апраксина и надписью: «Царского 
величества адмирал Ф.М. Апраксин», а на другой изображение флота, 
построившегося в линию, с надписью: «Храня сие не спит: лучше смерть, а не 
неверность».

Летом 1709 года в ходе Северной войны произошел перелом в пользу России. 
Разгромив главные силы сухопутной армии шведов на Украине, Петр I перебросил 
основные силы своей армии на балтийское направление, за короткий срок заняв 
южное побережье Финского залива. В наступлении русской армии и флота в 
Финляндии, которое продолжалось в течение 10 лет, Федор Апраксин принимал самое 
активное участие. Командуя гребным флотом, он отличился в ряде крупных операций,
 первой из которых стало взятие сильной крепости Выборга. Эту крепость шведы 
использовали в качестве основной базы для нападения на Петербург.

В марте 1710 года графу Апраксину было вверено командование над 10-тысячным 
корпусом, который перешел по льду Финского залива и осадил крепость. К началу 
мая транспортная флотилия, пройдя через ледяные поля залива, доставила 
Апраксину необходимые для осады артиллерию, боеприпасы и продовольствие. 
Получив подкрепление, Апраксин перешел к решительным действиям против гарнизона 
крепости, и 13 июня Выборг был взят. Он умело провел осаду и хорошо организовал 
взаимодействие сухопутных войск и гребной флотилии, которая штурмовала Выборг 
со стороны залива и не допустила в него шведскую эскадру, появившуюся перед 
входом в залив в середине мая. После сдачи крепости Петр собственноручно 
возложил на Апраксина орден Св. Андрея Первозванного и золотую шпагу, 
украшенную бриллиантами. После взятия Выборга Апраксин оставался в крепости, 
руководя исправлением поврежденных осадой укреплений.

При перенесении боевых действий на собственную территорию Швеции, перед 
Апраксиным была поставлена задача завоевания южного побережья Финляндии. В 1712 
году Апраксин был назначен главным начальником над Эстляндией, Ингерманландией 
и Карелией с подчинением ему всех сухопутных и морских сил, находящихся на этих 
территориях. В этом же году он был поставлен во главе особого корпуса, которому 
предстояло занять Гельсингфорс и Або, с взятием которых Петр I рассчитывал 
склонить Швецию к подписанию мира. Финская кампания началась в конце апреля 
1713 года. Под командованием Апраксина находилось 200 кораблей гребного флота и